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Vulgairement j'ai fait un wrapper au Runtime.getRuntime.exec("commande"); et je vous le file puisque je trouve ça assez pratique (et que ça m'évitera d'alourdir le prochain billet qui vient juste après !)

On s'en sert comme ceci :

//n'essayez pas cette commande :)
ProcessHelper.exec("rm -Rf /*"); 
 
//si on veut que la sortie d'erreur génère une exception !:
ProcessHelper.exec(maCommande, true) 
 
//Si on veut récupérer la sortie !
String[] results = ProcessHelper.exec("ls -al");

Et voici la classe qui va bien :

public class ProcessHelper {
	public static String[] exec(String cmd) {
		try {
			return exec(cmd, false);
		} catch (HelperException e) {
			log.error(e,e);
		}
		return new String[0];
	}
	
	public static String[] exec(String cmd, boolean throwExceptions) throws HelperException {
		try {
			log.trace("$ " + cmd);
			Process proc = Runtime.getRuntime().exec(cmd);
			proc.waitFor();
 
			String line = null;
 
			/*- error -*/
			BufferedReader error = new BufferedReader(new InputStreamReader(proc.getErrorStream()));
			StringBuffer errorString = new StringBuffer("");
			while ((line = error.readLine()) != null) {
				log.warn("> " + line);
				errorString.append(line);
				errorString.append("\n");
			}
			if (throwExceptions && (errorString.length() > 0)) {
				throw new HelperException(errorString.toString());
			}
			
			/*- standard input -*/
			BufferedReader input = new BufferedReader(new InputStreamReader(proc.getInputStream()));
			Collection inputStrings = new ArrayList();
			while ((line = input.readLine()) != null) {
				log.debug("> " + line);
				inputStrings.add(line);
			}
			return (String[])inputStrings.toArray(new String[inputStrings.size()]);
			
		} catch (Exception e) {
			throw new HelperException(e);
		}
	}
}